En 1331, le couvent est détruit par un incendie accidentel.
En 1334, il souffre des guerres féodales entre Charles de
Navarre et le Duc de Lorraine (guerre de Cent Ans). En 1570, ce sont les guerres de religion. L'abbaye est pillée et brûlée par les
armées calvinistes. 1636 : guerre de Trente Ans. L'armée suédoise dévaste la région. L'abbaye est complètement détruite. Ses moines
s'enfuient à Chaumont. En 1675, le couvent est reconstruit et ces bâtiments sont encore visibles aujourd'hui.
Les moines sont trente en 1300, quatre en 1373, huit en 1510, six en 1560, un en 1675. En 1788, à la veille de la Révolution, ils
sont quatre plus un frère convers.
Après la Révolution l'abbaye est vendue aux enchères. Elle est exploitée comme ferme. En 1813
les bâtiments sont encore intacts.
En 1866, l'abbaye de Septfontaines est achetée par le comte Ducos. A sa mort, en 1913, il se fait enterrer dans le choeur de l'église abbatiale. Il
lègue l'abbaye au département de la Haute-Marne, legs assorti de certaines conditions qui seront pas respectées. L'abbaye est alors
revendiquée par des descendants du comte Ducos, qui en sont toujours propriétaires.
Les ruines de la chapelle ont été inscrites à l'ISMH le 23 décembre 1925. L'ensemble des bâtiments,
l'ensemble du système hydraulique comprenant les canaux, les édicules de protection des sources et
tous les éléments du jardin du XIXème siècle notamment l'île romantique avec sa mare, les grottes
et le pont sur le canal ouest-est ont été inscrites à l'ISMH le 2 décembre 1996.
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