Situé entre l'abbaye cistercienne de La Crête et l'abbaye de Septfontaines, Morteau subit une forte influence éclésiastique.
Entre le XIIe et le XVIIIe siècle, la chapelle St Sulpice fut l'objet d'un pélérinage, grâce à la présence d'une source qui guérissait les enfants.
Au XVIe siècle fut construit le château, véritable maison forte.
La fermeture de la forge, vers 1850, entraîna une forte dépopulation qui valut à Morteau de devenir "la plus petite commune de France", jusqu'en 1969, date à laquelle elle fut rattachée à Cirey-les-Mareilles.